这一海上冲突也表明，印尼可能要强化其在该地区对中国采取的立场。
据印尼外交部发言人阿尔曼纳塔·纳西尔(Arrmanatha Nasir)说，该公海事件始于周六晚10点，当时印尼海洋事务与渔业部(Indonesian Ministry of Maritime Affairs and Fisheries)操作的一艘特种任务船在婆罗洲西北纳土纳群岛以外的印尼海上200海里专属经济区内抓获一艘中国渔船。
该发言人说，印尼人员登上中国渔船“桂北渔10078号”，将船长和八名船员拘留，并开始把渔船拖回位于纳土纳群岛的基地。
他说，但在午夜前后，一艘一直在跟踪印尼船只的中国海岸警卫队船只，在印尼领海的12海里的标志线上或线内向这艘印尼船只接近。
中国海岸警卫队船只撞击渔船，显然是为了迫使印尼当局将其释放，他说。
“为了防止发生其他事件，印尼当局释放了中国渔船，然后向纳土纳方向驶去，八名渔民和渔船船长仍在印尼船上，”阿尔曼纳塔说，并补充说印尼船员“只佩带了轻装”。
印尼海洋事务与渔业部苏西·普吉亚斯图蒂(Susi Pudjiastuti)周日召开记者会，将中国海岸警卫队的干预称为“傲慢”。
周一上午，印尼外长雷特诺·马尔苏迪(Retno Marsudi)召见了中国驻雅加达大使馆的公使衔参赞孙伟德，就所发生的冲突递交了一封抗议照会。
孙伟德是大使馆的代表，因为中国驻印尼大使谢锋不在印尼国内。
周一晚些时候，中国外交部发言人华春莹称事件发生的海域是“中国传统渔场”，并表示中国海岸警卫队船只没有进入印尼领海。
华春莹在北京举行的例行记者会上说，“中方要求印尼方立即释放被扣押的中国渔民并保障其人身安全。”
此次冲突并不是印尼与中国之间就中国渔船出现在纳土纳群岛附近的问题发生的第一次冲突，但此前雅加达政府一直淡化这些冲突，或没有将之公开。
中国是印尼最大的贸易伙伴之一，也是印尼大宗商品的重要市场，包括棕榈油和煤炭。两国最近签署了协议，让中国为印尼修建一条连接雅加达和西爪哇省首府万隆的高速铁路。
2013年3月，一艘印尼海事部船只在纳土纳群岛的同一海域抓获了一艘在那里作业的中国渔船，没收了该船，并拘留了船上九名渔民。几个小时后，这艘印尼船只与一艘中国船发生了面对面的接触，据说中国船上装备了机关枪和轻型火炮，中方要求印尼释放渔船和船员。
由于自己船上武力不足，同时也担心中国船只可能会开火，印尼船长听从了中方的要求，这段事件自那以后很少被人提及。
印尼对最近这次冲突的强烈反应，尤其是因为事件可能发生在其领海之内，可能是印尼在如何对待中国在南海气势汹汹行为的一个转折点，在新加坡东南亚研究所(Institute of Southeast Asian Studies)研究南海争端问题的高级研究员伊恩·J·斯托雷(Ian J. Storey)说。
“我觉得我们可以说，这次事件比2013年的那次更严重，我觉得印尼这次非常愤怒，”他说。“印尼一直趋向于淡化这些问题，但这次他们不能那样做了，这显示了人们正在对中国越来越不满。”
这一事件是伴随着该地区出现的多个紧张因素发生的，中国与东南亚国家联盟（Association of Southeast Asian Nations，简称东盟）10个成员国中的四个在该海域有领土争端。
东盟成员对中国在南海咄咄逼人的架势表示了越来越多的担忧，包括对海军的僵持局面、在有争议海域修建人工岛，以及在帕拉塞尔群岛（Paracel Islands，中国称之为西沙群岛——译注）驻扎军事人员和部署地对空导弹等。
上周，马来西亚国防部长希山慕丁·侯赛因(Hishammuddin Hussein)提出了东南亚国家对中国“做出反抗”的可能性。
印尼没有与中国的领土纠纷问题，但中国地图上有争议的九段线把该区域的90%左右划为自己的领海，分析人士表示，中国的主权主张与纳土纳群岛附近的印尼海上200海里专属经济区有部分重叠。
自1994年以来，印尼一直要求中国澄清九段线是否包含纳土纳群岛或其专属经济区，但是，直到最近，从未得到过来自北京的官方回应。
但在去年11月，中国外交部承认了印尼对纳土纳群岛的主权，虽然中国并没有提专属经济区的问题。
印尼曾表示，中国在南海的领土主张没有国际法律依据。这种说法的最近一次表述是在2015年3月，在佐科·威多多(Joko Widodo)总统上任不到五个月后访问日本时。
佐科的主要外交政策目标之一是将拥有250万人口的群岛国家印度尼西亚打造成一个区域性海上强国。印尼海事部已采用了一项政策，要将所有因非法活动、尤其是在印尼海上经济区非法捕鱼而被扣留的船只凿沉。
阿尔曼纳塔说，中国海岸警卫队采取了周六那样的行动，也许是因为它不想让印尼当局没收并销毁该渔船。
分析人士表示，印尼一直在纳土纳群岛上建立军事存在，并考虑在那里部署从美国买来的八架阿帕奇攻击直升机。
